中山一院设有61个临床科室、15个医技科室。其中肾内科、普外科、神经科、内分泌科和耳鼻咽喉科等5个学科为国家重点学科;消化内科(含肝炎病毒治疗如丙肝)、血液科、内分泌内科、呼吸内科、肾内科、心血管内科、神经内科、普通外科、神经外科、烧伤科、心脏大血管外科、骨科、手外科、妇科、产科、耳鼻咽喉科、器官移植科、重症医学科、急诊医学科、麻醉科、肿瘤科、康复医学科、变态反应科、临床药学、病理科、医学影像科、医学检验科、专科护理等28个专科为国家临床重点专科，数量居广东之首、全国前三;广东省心脑血管病防治办公室、世界卫生组织(WHO)康复中心、广东省ICU医疗质量控制中心、广东省血管外科科研中心和国际体外反博研究中心等社会医疗组织都设在该院。